PyMOLはコマンドの入力などを行なうGUIウインドウと分子が表示されるViewerウインドウの二つのウインドウで構成されます。
PDBファイルを開くには、[File]タブの中の[Open…]をクリックしてPDBファイルを選択します。PyMOLは複数のPDBファイルを続けて開くことができます。
複数のPDBファイルを読み込むと、Viewerの右上に読み込んだファイルの名前が表示されます。例では「4DC3-mono」というファイルと「dna」というファイルを読み込みました。ファイル名をクリックするとViewerに分子を表示したり消したりできるので、複数のファイルを読み込んでも見たい分子のみ表示させることができます。
ファイル名の右の[A]をクリックすると[Actions]メニューが表示されます。[center]をクリックすると、その分子がViewerの中心に表示されます。複数のファイルを読み込んだ場合に便利な機能です。
[delete object]をクリックすると、読み込んだPDBファイルをPyMOLから削除します。また、[remove waters]をクリックすると水分子のみを削除することができます。