[Show]メニュー
Viewerウインドウの右上に、読み込んだファイル名と、その右側にメニュー([A][S][H][L][C])があります。分子の表示方法を変更するには[S]をクリックして[Show]メニューを開きます。lines、sticks、ribbonなど、PyMOLで利用できる表示をここから選択することができます。例はcartoonをクリックした図です。
[Hide]メニュー
[cartoon]をクリックすると「cartoon表示」だけでなく、初めから表示されていた「lines表示」もそのまま表示されます。これを消すにはメニューの[H]をクリックして[Hide]メニューを開きます。[lines]をクリックしてください。「lines表示」のみがViewerから消えます。右は「lines表示」を消した図です。
このように、PyMOLでは[Show]メニューと[Hide]メニューを使って複数の表示形式を自由に組み合わせることが可能です。