リアルタイムPCR用のプローブとプライマーを設計するソフト「Edesign」を開発

2016年2月16日　バイオニュース／ニュース，

　DNAの定量分析や病原体の遺伝子型決定、ヒト遺伝子多型の検出に最適化したリアルタイムPCR用のプローブとプライマーを設計するソフトウェア「Edesign（イーデザイン）」を、理化学研究所の研究グループが開発した。

　リアルタイムPCR法を利用する際、増幅に用いる「プライマー」や増副産物の検出に用いる「蛍光プローブ」の配列は実験結果に大きな影響をもたらす。

　研究グループは２０１３年に、配列特異性が高く高感度な検出を可能にする蛍光プローブ「Eprobe（イープローブ）」を開発したが、最適な配列を見つけるための設計上の課題があった。

　今回、研究グループはEprobeにおける各条件が実験結果に与える影響を調べることで、最適なプライマー配列とプローブ配列を合わせて設計できるアルゴリズムの開発を行った。

　EprobeとEdesignを併用することで、従来より正確かつ高感度なDNA分析が可能になるという。